提速近10倍!基于深度学习的全基因组选择新方法来了******
近日,中国农业科学院作物科学研究所、三亚南繁研究院大数据智能设计育种创新团队联合多家单位提出利用植物海量多组学数据进行全基因组预测的深度学习方法, 可以实现育种大数据的高效整合与利用,将助力深度学习在全基因组选择中的应用,为智能设计育种及平台构建提供有效工具。相关研究成果发表在《分子植物(Molecular Plant)》上。
全基因组选择作为新一代育种技术,通过构建预测模型,根据基因组估计育种值进行早期个体的预测和选择,从而缩短育种世代间隔,加快育种进程,节约成本,推动现代育种向精准化和高效化方向发展。
统计模型作为全基因组选择的核心,极大地影响了全基因组预测的准确度和效率。传统预测方法基于线性回归模型,难以捕捉基因型和表型间的复杂关系。
相较于传统模型,非线性模型(如深度网络神经)具备分析复杂非加性效应的能力,人工智能和深度学习算法为解决大数据分析和高性能并行运算等难题提供了新的契机,深度学习算法的优化将会提高全基因组选择的预测能力。
该研究团队以玉米、小麦和番茄3种作物的4种不同维度的群体数据为测试材料,通过创新深度学习算法框架开发了全基因组选择新方法。
与其他五种主流预测方法相比,该方法有以下优点: 可以利用多组学数据开展全基因组预测;算法设计中包含批归一化层、回调函数和校正线性激活函数等结构,可以有效降低模型错误率,提高运行速度;预测精度稳健,在小型数据集上的表现与目前主流预测模型相当,在大规模数据集上预测优势更加明显;计算时间与传统方法相近,比已有深度学习方法提速近10倍;超参数调整对用户更加友好。
该研究得到了国家重点研发计划、国家自然科学基金、海南崖州湾种子实验室和中国农业科学院科技创新工程等项目的支持。
学术支持
中国农业科学院作物科学研究所
记者
宋雅娟
第十四届“大爱无国界”国际义卖活动开幕******
中新网北京1月18日电 “大爱无国界——温暖成长路”国际义卖活动开幕式17日在北京以线上方式举行。中国外交部部长秦刚,特邀嘉宾、中共中央政治局委员、国务委员王毅夫人钱韦女士,120多家外国驻华使馆、国际组织驻华机构和部分爱心企业代表等出席。
秦刚代表外交部向长期以来始终支持、参与和关心“大爱无国界”活动的中外朋友,特别是各国驻华使节表示衷心的感谢,并向王毅国务委员、钱韦女士为活动所做大量工作表达由衷的敬意。
秦刚说,外交帮扶工作见证了一个个大爱项目落地生根、开花结果;见证了“大爱无国界”活动坚守初心,助力脱贫攻坚的圆满收官,乡村振兴接力起航;见证了无数个孩童心中的梦想实现,无数个家庭有了新的希望。“大爱无国界”活动的创办,不仅是为了凝聚爱心,共创未来,更是为了传递和发扬和衷共济、团结互助的“大爱精神”。
秦刚表示,中共二十大明确了新时代新征程中国共产党的中心任务,我们将以中国式现代化全面推进中华民族伟大复兴。中国式现代化是全体人民共同富裕的现代化。对于中国共产党,“人民”二字重千钧。我们坚持以人民为中心的发展思想,在发展中保障和改善民生,奋力把人民对美好生活的向往变为现实。脱贫只是第一步,更好日子在后头。我们将引导、支持有意愿、有能力的企业、社会组织和个人积极参与公益慈善事业。外交部将坚持把“大爱无国界”国际义卖活动办下去,越办越好。
钱韦女士在致辞中表示,“大爱无国界”国际义卖活动一步一个脚印走过13个年头,用心用情换来无数温暖人心时刻,为中国脱贫攻坚和乡村振兴事业做出积极贡献。本届义卖活动将主题确定为“温暖成长路”,聚焦帮扶乡村儿童,计划将善款用于为云南省金平县、麻栗坡县近百所中小学校新建和改造热浴设施,让两县近2万名孩子沐浴温暖、健康成长。正是来自中外各方爱心人士的一次次付出和奉献,变为润物无声的温暖,改变无数个家庭的命运,点亮无数个孩子的希望,书写中国人民与各国人民以心相交、守望相助的动人篇章。
阿联酋驻华大使扎希里代表外国驻华使团发表视频致辞,表示在中国共产党领导下,中国脱贫攻坚取得巨大成功,并努力实现共同富裕。阿中两国都秉持构建人类命运共同体理念,希望各国都能成为全球发展的积极贡献者,携手为全人类打造充满希望、繁荣、可持续的未来。
嘉宾们共同见证“云义卖”活动正式启动。此次义卖筹集货品近400种、5.8万件,在淘宝平台设立“数乡宝藏旗舰店”专题网页,持续至2月8日,并将举行直播带货。(完)
(文图:赵筱尘 巫邓炎)